考核一：太空搭载空间有限，搭载单位对搭载物品的数量和质量有苛刻的要求。并不是所有的种子都能够有机会“遨游太空”，只有果实饱满、活力好且遗传稳定性高的种子才能入选，种子被选中后首先提交到搭载单位，由相关专家进行科学性和经济价值的评估，入选后送入太空。
考核二：在太空飞行过程中，只有被宇宙射线击中且发生基因改变的种子返回地面后，才能够进入下一轮考核。也就是说，并不是每一粒种子都能被宇宙射线击中，也不是所有被击中的种子都能发生基因变异，最终可能只有百分之几甚至千分之几可能发生变异。
考核三：在太空中发生变异的植株，回到地面后经过严格筛选，以及数代的杂交、繁殖，才有可能得到优势明显、性状稳定的突变体系。只有产量好、势头旺盛或具有抗性，例如不怕虫子咬、不怕干旱的“强者”才能留下。这一过程需要数年之久，但是对于我国种业自主创新而言，意义重大。
从航天育种的原理和过程来看，航天育种的变异在本质上和自然界植物的自然变异是相同的，只不过是太空中的特殊环境加速了生物变异的过程，提高了变异的频率。这种育种方式并没有将其他外源基因导入作物中使之产生变异，只是种子自身的变异，所以是可以安全食用的。
5月19日，中国载人航天工程网公布了神舟十二号和神舟十三号载人飞船航天育种实验项目清单。总共涉及上千件（份）作物种子、微生物菌种等航天育种材料。蔬菜种子涉及马铃薯、大白菜、辣椒、大葱、番茄、西兰花、茄子、生菜、油豆角等。